BENCHEIKH Bochra
- bencheikh.bochra@univ-guelma.dz
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Abstract
The SARS-CoV-2 virus is the causative agent of COVID-19 and still poses a great threat to
humanity. The discovery of an effective drug regimen against this infection is still in
development. In order to contribute to the fight against COVID-19, which to date represents a
controversy; we studied the inhibition of SARS-CoV-2 by theoretical approaches of virtual
screening.
A series of natural compounds and drugs have been screened using molecular docking. In the
receptor-ligand systems studied, the two SARS-CoV-2 receptors used as therapeutic targets
are the MPro protease (6LU7) and the angiotensin 2 converting enzyme ACE2 (6LZG). While
the ligands used as inhibitors are a series of flavonoids and coumarins with some drugs, such
as CQ and HCQ used as references.
Docking's results show that the inhibitory power of the natural compounds studied with MPro
is greater than with ACE2. ADMET filters have retained the majority of natural ligands
studied with interesting biological and pharmacological properties, thus allowing them to
have better bioavailability. Binding Energy values showed that the majority of natural ligands
have better affinity for MPro, compared to drugs used against SARS-CoV-2. The biological
and pharmacological properties of these ligands are in agreement with the docking and
molecular dynamics results.
The QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationship) approach has allowed us to have a
reliable model that explains and predicts the antiviral activity expressed by the median
inhibition concentration (IC50) of a series of 2-amino quinazolin derivatives -4(3H)-one
inhibitors of SARS-CoV-2, in order to predict the biological activity of new inhibitors of this
virus.
Abstract (Ar)
ولا يزال يمثل تهديدًا كبيرًا للبشرية. COVID-19 هو العامل المسبب ل SARS-CoV-2 فيروس
COVID-19 التطوير من أجل المساهمة في مكافحة لا يزال اكتشاف نظام دوائي فعال ضد هذه العدوى قيد
. من خلال الأساليب النظرية للفحص الافتراضي..SARS-CoV-2 والذي يمثل حتى الآن جدلاً ، درسنا تثبيط
تم فحص سلسلة من المركبات والأدوية الطبيعية باستخدام الالتحام الجزيئي. في أنظمة المستقبلات التي تمت دراستها ، فإن
. والإنزيم المحول للأنجيوتنسين 2 . Protease (6LU7) .MPro . المستخدمة كأهداف علاجية هي SARS-CoV-2
. في حين أن الروابط المستخدمة كمثبطات هي سلسلة من مركبات الفلافونويد . ACE2 (6LZG(
المستخدمة كمراجع . CQ و HCQ. والكومارين مع بعض الأدوية مثل
.ACE2 أكبر منها مع MPro تظهر نتائج الإرساء أن القوة التثبيطية للمركبات الطبيعية التي تمت دراستها باستخدام د
بمعظم الروابط الطبيعية التي تمت دراستها ADMET احتفظت مرشحات
بخصائص بيولوجية ودوائية مثيرة للاهتمام
Binding Energ مما يسمح لها بالحصول على توافر بيولوجي أفضل. أظهرت قيم ie
SARS-CoV-2 أن غالبية الروابط الطبيعية لديها تقارب أفضل مع MPRO مقارنة بالأدوية المستخدمة ضد
تتوافق الخصائص البيولوجية والدوائية لهذه الروابط مع نتائج الالتحام والديناميكيات الجزيئية.
'(العلاقة الكمية بين البنية والنشاط) بالحصول على نموذج موثوق يشرح ويتنبأ بالنشاط QSAR سمح لنا نهج .
المضاد للفيروسات المعبر عنه بتركيز التثبيط المتوسط ( IC50)
. SARS-CoV-2 مثبطات amino quinazolin -4 (3H) -one- لسلسلة من مشتقات 2
من أجل التنبؤ بالنشاط البيولوجي لمثبطات جديدة لهذا الفيروس.
Abstract (Fr)
Le virus SARS-CoV-2 est l'agent causal du COVID-19 et constitue toujours une grande
menace pour l'humanité. La découverte d'un régime médicamenteux efficace contre cette
infection est encore en développement. Dans le but de contribuer à la lutte contre le COVID-
19 qui représente jusqu’à ce jour une polémique, nous avons étudié l’inhibition du SARS-
CoV-2 par des approches théoriques du criblage virtuel.
Une série de composés naturels et de médicaments ont été criblé utilisant le Docking
moléculaire. Dans les systèmes récepteurs-ligands étudiés, les deux récepteurs du SARS-
CoV-2 utilisés comme cibles thérapeutiques sont la protéase M Pro (6LU7) et l'enzyme de
conversion de l'angiotensine 2 ACE2 (6LZG). Tandis que les ligands utilisés comme
inhibiteurs sont une série de flavonoïdes et des coumarines avec quelques médicaments, tels
que la CQ et l’HCQ utilisés comme références.
Les résultats de Docking montrent que le pouvoir inhibiteur des composés naturels étudiés
avec le M Pro est plus important qu’avec l’ACE2. Les filtres d’ADMET ont retenus la majorité
des ligands naturels étudiés avec des propriétés biologiques et pharmacologiques
intéressantes, leurs permettre ainsi d’avoir une meilleure biodisponibilité. Les valeurs de
Binding Energy ont montré que la majorité des ligands naturels ont une meilleure affinité
pour M Pro , par rapport aux médicaments utilisés contre le SARS-CoV-2. Les propriétés
biologiques et pharmacologiques de ces ligands sont en accord avec les résultats d'amarrage et
de dynamique moléculaire
L’approche QSAR (Relation Quantitative Structure-Activité) nous a permis d’avoir un
modèle fiable qui explique et prédit l’activité antivirale exprimée par la concentration
d’inhibition médiane (IC50) d’une série de dérivés de 2-amino quinazolin-4(3H)-one
inhibiteurs du SARS-CoV-2, afin de prédire l’activité biologique de nouveaux inhibiteurs de
ce virus.
Scientific publications
publication international :
1- In Silico Study of Selected Natural Products as
SARS-CoV-2 MPro Binder: Molecular Docking and
Molecular Dynamics Simulation.
Scientific conferences
publication national:
1- DFT and molecular docking study of cyp 3A4 inhibiteur with anti antiviral therapy
2-etude des materiaux elaboration et modelisation
3-docking molecular of CYP 3A4 by anti-Hiv
4-evaluation of covid 19 protease and HIV inhibitors interactions.
publication internationnal:
1-Molecular docking of the inhibition of cyp3a4 by grapefruit juice.
2-Docking moléculaire in silico : évaluation de la coumarine contre le SARS-CoV-2.
3-MOLECULAR DOCKING STUDY OF CYP 3A4 INHIBITORS WITH ANTI-HIV
4-in silico study of selected naturel products as SARS-CoV-2 molecular docking and dynamics simulation.
5-etude par modelisation moleculaire de l'activite inhibitrice des cytochrome CYP 3A4 dans le jus de pamplemous.
6-analysis of CYP 3A4- HIV -1protease drugs interaction by computational methods for antiretroviral therapy
7-decouverte d'inhibiteur flavonoide potentiel contre le SARS-CoV-2 base sur une strategie du docking moleculaire